转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组测序能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程中的分子机理；目前已广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发和分子育种等领域。
有参转录组测序目标：
1. 获得全面转录本信息；
2. 检测稀有转录本和发现新的转录本；
3. 精确识别可变剪切位点，以及不同转录本之间的单碱基差异。

一、技术流程

二、生物信息分析内容
1. 测序质量分析与统计、评估；
2. 参考基因组比对；
3. 新转录本预测；
4. 基因表达定量分析、基因表达水平分析；
5. 差异基因表达分析、差异表达基因GO富集分析和Pathway富集分析；
6. SNP和Indel分析；
7. 可变剪切分析；
8. DEU分析。

三、结果展示
1.数据库使用：
基因表达量分析,HTSeq
KEGG Pathway

2.版图展示

如图1.1所示，火山图，符合差异表达条件的基因在图上以蓝色圆点表示；

四、样本要求
总量：〉4 μg RNA；浓度：〉50 ng/μL；260/280：〉2.0

小RNA是一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，主要包括miRNA、piRNA和siRNA等；它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，在发育、病毒防御、造血过程、器官形成、细抱增殖和凋亡等环节起着重要调控作用。
小RNA测序目标：
1. miRNA长度，茎环结构，miRNA前体加工，靶基因结合位点和预测；
2. 转录组和小RNA数据的联合分析。

一、技术流程

二、生物信息学分析内容
1. 测序质量分析与统计、评估；
2. microRNA，rRNA，tRNA，intron，exon，snRNA，snoRNA注释；
3. microRNA的表达量差异分析；
4. microRNA表达模式聚类分析；
5. microRNA保守性分析；
6. microRNA与靶基因之间的调控， microRNA靶基因之间的蛋白-蛋白相互作用网络分析；
7. 靶基因预测；
8. 新miRNA预测。

三、结果展示
1. 数据库使用：miRBase Rfam

2. 版图展示

图1.1所示，差异基因聚类热图，反映样品间相似性，以及各miRNA的表达模式相似性；

图1.2所示，预测miRNA；

四、样本要求
总量：〉4 μg RNA；浓度：〉50 ng/μL

iTRAQ技术，利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪（QE或5600）串联分析，可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量；适用范围广，可以对任何类型的蛋白质进行鉴定、定量，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等。

一、技术流程

二、生物信息分析内容
1. 原始数据质量评估
2. 蛋白质组鉴定
3. 蛋白质定量
4. COG、GO、Pathway功能注释
5. 差异蛋白质的GO、Pathway富集分析
6. 聚类分析

三、结果展示
1. 数据库使用：NCBI NR Swiss-Prot

2. 版图展示

图1.1所示，COG分类反映样品中不同功能的蛋白质数量统计；

四、样本要求
蛋白量：〉50ug；浓度： 〉5ug/ul

16S/18S/ITS rDNA，序列包含可变区（Variable region）和保守区（constant region）。可变区序列因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关，通过提取环境样品的DNA，并扩增和检测其中的一段或几段区域，可以了解环境样品中细菌的分类和丰度。

一、技术流程

二、生物信息分析内容
1. 测序质量分析与统计、评估
2. OTU列表生成及注释（默认相似度0.97）
3. 稀释曲线、Alpha多样性分析（默认相似度0.97）
4. 物种丰度差异分析
5. 聚类热图
6. 单样品、多样品物种分布
7. OTU比较Venn图
8. 含进化关系的物种分布
9. Beta多样性分析

三、结果展示
1. 数据库使用 16S细菌和古菌 Greengene

2. 版图展示

图1.1所示，多样品结果构分析放在一起对比时，观测样本间的变化；多样本物种分布

四、样本要求
DNA总量：〉200ng；浓度：〉20 ng/μL；260/280： 1.8~2.0