纵横3000由20多个子系统组成，图书馆传统业务靠以下子系统来完成：采访子系统、编目子系统、流通子系统、读者管理子系统、典藏子系统等。
下面对各子系统的主要功能做一个简单的介绍。
1. 采访子系统：数据录入、数据修改、数据查询、自动采访查重、采访统计、到书单登记、付款登记、经费统计、数据交送、数据转换等。
2. 编目子系统：图书编目、数据修改、编目查询、自动查重、分类号检测、种次号检测、书标打印、编目统计、分编数据交送、编目数据格式转换、种次号维护、记录号库维护、著录参数库维护。
3. 流通子系统：图书借还（包含图书查询、读者查询、借还方式等设置）、图书丢失还回、预约登记、预约取消、书目（读者）预约查询、打印预约到书单、罚款登记、图书被借查询、超期读者查询、读者借阅频率查询、图书被借频率查询、借还历史记录查询、流通统计、缺书录入。
4. 读者管理子系统：书证办理、数据修改、打印书证、打印期满读者清单、交款与退款、交款查询、款额统计、书证管理、集体销证、读者类型库维护、读者单位库维护。
5. 连续出版物管理子系统：期刊订购、期刊停订、现订期刊数据修改、现订期刊数据查询、现订期刊年度保存等。
6. 典藏管理子系统：入藏登记、藏书调整、藏书剔旧、藏书分类统计、藏书流通检查、打印图书剔旧单、打印报表、剔旧库维护、典藏数据调拨。
7. 科技论文（文献）全文管理子系统：数据录入、数据修改、数据批量删除、论文来源浏览、论文顺序浏览、专项检索。
8. 系统管理子系统：系统参数设置、本馆结构设置、操作员管理、读者类型库维护、读者单位库维护、MARC库维护等。
9. 数据转换子系统：采访数据转换、编目数据转换、过刊数据转换、向采访子系统提交数据、向编目子系统提交数据、向MARC库提交数据。
10. 阅览室管理子系统：阅览室书刊资料借还、读者借还查询、读者借还历史查询、借阅统计、到馆读者查询、读者登到统计、罚款登记、罚款统计、查询读者罚款情况。
11. 馆务管理子系统：馆长查询子系统（采访主库查询、编目主库统计、编目数据检索、流通分类统计、读者借阅频率查询）等。
12. 读者登到子系统：读者到馆登记、在馆读者查询、读者登到统计。
13. Internet图书资料采访征询子系统：来源库数据加载、数据修改、数据选择、分析征订、征询记录查询、数据交送到采购库、订购库数据修改、打印订单、生成MARC数据、征订统计、书证管理。
14. 图书馆Internet网站管理子系统：书目检索、新书通报、读者信息查询、借阅情况查询、预约到书查询、罚款情况查询、过刊检索等。