反渗透系统在正常运行一段时间后，反渗透膜会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中最常见的为金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。污染物的性质及污染速度与给水条件有关，污染是慢慢发展的，如果不早期采取措施，污染将会在相对短的时间内损坏膜元件的性能。
1、污染物的去除   污染物的去除可通过化学清洗和物理冲洗来实现，有时亦可通过改变运行条件来实现，作为一般的原则，当下列情形之一发生时应进行清洗。     1.1 在正常压力下如产品水流量降至正常值的 10 ～ 15% 。     1.2 为了维持正常的产品水流量，经温度校正后的给水压力增加了 10 ～ 15% 。     1.3 产品水质降低 10 ～ 15% 。盐透过率增加 10 ～ 15% 。